François Margot obtient son diplôme d'ingénieur mathématicien à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne. Il est assistant en recherche opérationnelle à l'EPFL puis, chargé de cours en recherche opérationnelle et en optimisation combinatoire. Ses travaux de recherche portent sur l'algorithmique, la combinatoire polyédrique, l'optimisation combinatoire et la complexité. Il obtient le titre de Docteur ès sciences en 1994.