Philippe Baud a étudié à Lausanne et au séminaire de Fribourg et obtenu en 1967 la licence de théologie à l'Institut catholique de Paris. Il a été l'élève notamment de Charles Journet, de Jean Daniélou, d'Henri Boullard, d'Henri Cazelles et d'André Feuillet. Ordonné prêtre en 1966, il a exercé pendant une quinzaine d'années un ministère pastoral marquant dans une paroisse de Genève. Il est aumônier de la communauté universitaire et fondateur du Centre catholique de cette ville.